Le prieuré d'Allichamps est le dernier témoignage d'une importante station située sur la voie romaine d'Avaricum à Néris-les Bains. Elle fut certainement une importante nécropole romaine. Un temple dédié à Diane fut élevé par Claude Le Gothique. Dès 450, ce temple devint un centre paléochrétien dédié à Saint Etienne. Allichamps est alors un village dont on ne connaît ni l'étendue ni la disposition par rapport à l'église.
Au XIIème siècle, le prieuré fut rattaché à l'ordre des Augustins de l'abbaye de Plaimpied, qui reconstruit le coeur. Inspiré de l'art roman, il se distingue par ses chapiteaux et ses modillons finement sculptés. Les motifs surprennent par la variété dans le choix des sujets et révèlent des modèles d'origines variées, tantôt inspirés du Bourbonnais, tantôt de la Vendée ou de la Saintonge.
Comme son nom l'indique, Aalis Campis (champs d'Aalis, divinité germanique), Elisii Campi (en 1193) puis Alischans à partir du 13ème siècle, Allichamps conserva une place remarquable en tant que site sépulcral. Des pierres tombales y furent encore déposées et des sépultures ensevelies. Un très bel exemplaire en témoigne ; il s'agit de la tombe sculptée en mémoire des seigneurs Marguerite et Odiles de Larnay vivant au XVème siècle, cette pierre est aujourd'hui conservée au Musée du Berry à Bourges.
Les découvertes des sarcophages dans les environs ainsi que dans le chevet même ont permis d'éclairer l'historien sur les rites funéraires du haut Moyen-âge.
Au XVIIIème siècle, son dernier prieur, François Pajonnet, s'illustrera par son activité archéologique importante, mettant à jour en particulier la célèbre borne milliaire ainsi que de nombreuses stèles et objets datant des premiers temps d'activité du site. Au début de la Révolution, Allichamps n'est plus qu'une petite paroisse de 19 habitants.
Vendu comme Bien National en 1790, l'église fut progressivement démantelée avant d'être convertie en grange et étable.
L'édifice, inscrit à l'inventaire supplémentaire des monuments historique en 1926, devint patrimoine communal en 1986. Objet de tous les soins de restauration, conservation et animation de l'Association des Amis du Prieuré depuis cette date, l'ouvrage est aujourd'hui protégé au titre des Monuments Historiques.